Johannes Larsen var købmandssøn fra Kerteminde. Han fik sin kunstneriske uddannelse på Zahrtmanns skole i København, hvor han blev en af hovedskikkelserne i kredsen af kunstnere, der ofte er blevet betegnet som Fynbomalerne.
Johannes Larsen havde en fantastisk iagttagelsesevne. Allerede som barn og fra de tidligste barndomsår havde Johannes Larsen kunsten og erfarne kunstnere inden for rækkevidde i form af sin dygtige morbror, portrætmaleren Johan Peter Bless (1825-80). Desuden talte familien også kunstmaleren Christian Eckardt (1832-1914) og kunstneren Lorentz Frølich (1820-1908), der i disse år var bosat i Paris.
Johannes Larsen opførte i 1901-02 sin villa på Møllebakken i Kertemindes nordlige udkant, hvor han flyttede ind sammen med maler-hustruen Alhed og deres to drenge, Jeppe Andreas ”Puf” og Johan ”Lysse”.
Gennem et langt kunstnerliv har Johannes Larsen haft en meget stor produktion af oliemalerier, akvareller og grafiske arbejder.
Selvom hans motivvalg spænder vidt - med hovedvægt på natur-skildringer - er han for eftertiden blevet stående som 'fuglemaleren'.